Iskolánkat 1552-ben alapította Szegedi Kis István elemi oktatás és középiskolai oktatás céljára. Akkor úgynevezett "csonka akadémiá"-ja volt a debreceni Kollégiumnak: a békési diákok innen Debrecenbe kerültek a nagy Kollégiumba, onnan pedig külföldön, általában Wittenbergben folytatták tanulmányaikat. Visszatérve Magyarországra mint papok, iskolaalapítók folytatták tevékenységüket.
A török hódoltság alatt az iskola megszűnt: Békés egész lakossága Karcagra költözött, így az iskola is pár évtizedet szünetelt, majd újra alapították 1716-17-ben. Már ekkor jellegzetessége volt, hogy önálló leányosztályok is voltak, s ezekben tanítónők is tanítottak.
A XX. század elejére annyira megnőtt a létszám, hogy az elemi és a középfokú oktatásnak szét kellett válnia, így 1903-ban felépült a békési Református Főgimnázium. Azóta külön épületekben folyik a tanítás, de jogelődjének mindkét iskola a Szegedi Kis István által alapított intézményt tekinti. Mindkét intézményt a református egyház tartotta fönn.
A létszám 1903-tól 1948-ig, az államosításig szinte állandó volt. Az elemi iskolai rész az állomosítás után a 3. Számú Általános Iskola nevet kapta. A másik két békési iskola közül az egyes számú községi iskola volt, a kettes számú pedig polgári iskola.
1948-tól 1978-is állandóan nőtt a tanulóink létszáma. Így a régi, tizedbeli iskolákban is folyt a tanítás. Ezek a tizedbeli iskolák egy-egy kerület központjában voltak, itt csak alsó tagozati oktatás folyt. A felső tagozati oktatás az úgynevezett kollégiumi épületben kapott helyet. Az iskola fő épületét azért hívták kollégiumnak, mert míg a középfokú és az elemi szintű oktatás szét nem vált egymástól, addig ott kollégiumi elhelyezést is kaptak a tanulók.
1978-ban sajnos földrengés tette tönkre a főépületet, így 3 éven át, amíg az új iskola föl nem épült, a kettes számú iskolában kaptunk helyet, ahol délelőtti-délutáni váltással folyt a tanítás.
1981. szeptember 1-jén adták át új iskolaépületünket, eredetileg 16 osztály számára.
Új, nagy tornatermünk lehetővé tette, hogy a működő matematika tagozat mellett testnevelés tagozatos osztályok is indulhassanak (ezeket mára már az emelt szintű matematika, illetve az emelt szintű testnevelés oktatás váltotta fel), alsó tagozatban pedig a Zsolnai- féle nyelvi-irodalmi kommunikációs program szerint tanítunk egy-egy osztályt.
Testnevelés tagozatos iskolaként olyan embert választottunk iskolánk névadójaként, aki világhírű sportoló, nevelő és sportdiplomata volt. Városunk szülötte Dr. Hepp Ferenc, aki az ötvenes években a Testnevelési Főiskola rektora volt. Az ő pályafutása példaként állhat iskolánk minden tanulója előtt. A Kosárlabda-szövetség elnöke volt, Svájcban és az Egyesült Államokban szerzett oklevelet, hét nyelven beszélt és hét nyelvű sportszótárt szerkesztett.
Családjának hozzájárulásával 1986. november 27-én iskolánk felvehette az ő nevét, és Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola lettünk, és egyben csatlakoztunk az "Olimpiai iskolák" országos mozgalomhoz..
(Laborczy Aladárné, nyugalmazott igazgató elbeszélése nyomán)
2007-ben Békési Kistérségi Iskola néven városunk önkormányzata javaslatára a hatékonyabb gazdálkodás és a iskolák közötti jobb átjárhatóság és a város egységes pedagógiai koncepciója érdekében az általános iskolák, az egykori Zeneiskola (Alapfokú Művészeti Iskola) és a Pedagógia Szakszolgálat összevonásra került. Ebből a rendszerből 2011-ben kivált a Muronyi, Kamuti Általános Iskola, valamint a Karacs Teréz Általános Iskola, majd 2012-ben a székelyintézmény, az Eötvös Tagiskola is. Ennek eredményeként 2012-től Békési Kistérségi Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola, Sportiskola, Alapfokú Művészeti Iskola és Egységes Pedagógiai Szakszolgálat néven a székhelyintézmény a Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola, Békés József A. u. 12.
2013 - 2016 között a Békési Tankerületi Központ volt a fenntartója intézményünknek. Intézményünk neve: Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola és Alapfokú Művészeti Iskola névre változott. Tarhos településen az alsó tagozatos iskolaegység tagiskolaként működött.
Újbóli átszervezést követően 2017-től a Gyulai Tankerületi Központ lett a fenntartója iskolánknak. 2020. szeptemberétől az Alapfokú Művészeti Iskola kivált és önálló intézményként alakult újjá. 2022-ben a Tarhosi Tagiskola is a leválásról döntött.
Intézményünk jelenlegi fenntartója a Gyulai Tankerületi Központ.
Nevünk: Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola
Intézményünk szervezeti struktúráját továbbra is kettő intézményegység alkotja:
Általános Iskolai Intézményegység:
1, Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola
5630 Békés, József Attila u. 12.
2, Dr. Hepp Ferenc Általános Iskola (Bajza utcai telephely alsó tagozatos osztályokkal)
5630 Békés, Bajza u. 1.
